En 1907 fut créée la «Société de l’École Française de Lisbonne», ayant ouvert une école Rua da Emenda.
En 1917, il s’installe au Pátio do Tijolo dans le Palais Braancamp près du Largo do Rato, achetés cette année par la Société de l’École Française de Lisbonne.
Enfin, il s’installe dans ses locaux actuels sur, le 17 Novembre 1952.

Des noms prestigieux du monde de l’art, de la politique, ou des lettres, sont passés par cette école.

Le lycée français Charles Lepierre doit son nom au professeur Lepierre (1867-1945), ingénieur chimiste diplômé de l’École de Physique et Chimie Industrielle de Paris, qui fut élève de Pierre Curie et vint s’installer au Portugal dès 1888.

Par l’intermédiaire d’éminents chimistes portugais, Roberto Duarte Silva et José Julio Rodrigues, Charles Lepierre arriva à Lisbonne en 1888, mais c’est à Coimbra que, durant 20 ans, il développa le laboratoire de microbiologie à l’Université. Pendant les 26 années qui suivirent, il enseigna à l’Institut Supérieur Technique de Lisbonne.

Inauguré en 1952, le Lycée fait partie aujourd’hui du réseau des établissements scolaires placés en gestion directe auprès de l’AEFE (Agence pour l’Enseignement du Français à l’Étranger), sous la tutelle du Ministère des affaires étrangères.

A ce titre, il a pour objectif d’assurer, en faveur des enfants de nationalité française résidents au Portugal et plus particulièrement à Lisbonne, les missions de service public relatives à l’éducation (programmes et diplômes conformes aux directives du ministère de l’éducation nationale). Il doit, en outre, contribuer, par l’accueil d’élèves portugais et étrangers tiers, au rayonnement de la langue et la culture française.
Le Lycée Charles Lepierre garantit aux élèves la possibilité de poursuivre des études supérieures en France, au Portugal ou dans d’autres pays.
Il lui incombe également de faire partager les valeurs de tolérance et de respect mutuel chères à Charles Lepierre, qui toute sa vie a œuvré pour le rapprochement des peuples portugais et français.

Le Lycée français Charles Lepierre a fêté ses 60 ans en 2012.